Die vertiefte Prüfung oder Tiefenprüfung ist eine Detail- und Belegprüfung. Sie erfolgt nach einem Stichproben- verfahren oder einer anlassbezogenen Auswahl z.B. bei einem erheblichen Klärungsbedarf. Bei dieser Prüfung werden Angaben im Verwendungsnachweis detailliert anhand von Belegen (insbesondere auch Vergabe-, Vertrags- und Abrechnungsunterlagen) überprüft und ggf. örtliche Erhebungen durchgeführt. Es soll festgestellt werden, ob die Zuwendung zweckentsprechend und wirtschaftlich verwendet und der mit der Zuwendung beabsichtigte Zweck erreicht wurde. Auch die Richtigkeit der Belege wird überprüft. Für eine vertiefte Prüfung besteht eine Aufbewahrungsfrist der Originalbelege von mind. 5 Jahren.