Während einer Tiefenprüfung werden alle Belege, Ausgaben etc. eines Projekts bis ins Detail geprüft. In der Regel werden nur wenige Projekte eines Förderprogramms tiefengeprüft. Allerdings kann eine Tiefenprüfung zwischen fünf und zehn Jahre nach dem Projekt erfolgen. Deshalb ist es wichtig, alle Unterlagen, besonders Belege, geordnet aufzubewahren, bis diese Frist verstrichen ist.